《盖亚·奥特曼》是继《迪迦·奥特曼》和《戴拿·奥特曼》之后的作品，于1998年9月5日—1999年8月28日每周六18:00~18:30在每日放送和TBS电视台旗下系列电视台首播。 全51集。 盖亚奥特曼的故事发生在另一个世界，这个时空既不同于昭和奥特曼的世界，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空。具有两个在如何保卫地球不受根源性灭亡体破坏上思想相冲突的奥特曼。 故事的前一半展示了他们之间越来越紧张的关系以及两人多次的冲突，而后一半则调解了两人的分歧，因此他们才能打败共同敌人。 剧中的战队也不同于以前的战队，而比以前也有许多次出场，并且两人在故事开始经常产生冲突。他们的思想就像他们的皮肤一样不同。不像盖亚奥特曼（或是到那时除了戴拿奥特曼奇迹型和奥特之王所有奥特曼），阿古茹奥特曼完全是蓝色的（后来全蓝色的奥特曼基本只有希卡利奥特曼、高斯奥特曼月神型和赛罗奥特曼月神奇迹型了）。盖亚奥特曼因为我梦的原因很坚定地去保护地球和人类，可同样出生在地球的阿古茹奥特曼因为藤宫收到光量子电脑克里西斯的错误信息（已被根源性灭亡体感染）而与盖亚背道而驰，在一开始为了保护地球，甘愿牺牲部分人类。 故事发生的时间设定在2000年。在故事中有多种类型的怪兽，除了来自宇宙的侵略者外，还有不少地球的怪兽以及一些未知的受天气控制的机器人——天界、炎山、绿林。剧中最引人入胜的地方就是打破常规的两个奥特曼的想法。藤宫博也在1997年，通过由自己主导开发的光量子电脑克里西斯预测得知：“地球和人类将会被根源破灭招来体彻底毁灭，而拯救地球的唯一办法就是消灭掉人类。”但是，Crisis早就被德国人克劳斯做过手脚，所以藤宫是被误导了。（但是恶人有恶报，到了第42话，我梦终于发现了这个炼金之星的叛徒，并且干掉了以克劳斯为主力的精神寄生体） [4] 也正是因为这样，在前半部分，我梦和藤宫的对立成为了全剧的亮点，并且两人的矛盾越来越大，最终引发了盖亚奥特曼和阿古茹奥特曼的最后一战。