故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界表面看上去并未发生太大变化，但是世界各地不断传来“异生兽”攻击吞食人类致使人员伤亡报告。 为了暗中解决这个问题，人类政府秘密联合成立了世界性防卫组织“Terrestrial Liberation Trust（国际解放机构）”，总部位于北美，简称“TLT”，其下日本支部被称为“TLT-J”。而“TLT-J第三基地”直属特种机动作战部队就是“夜袭队（Night Raider）”，他们的任务就是秘密消灭所有异生兽，而组织对于所有目击异生兽的幸存者则会消除他们的记忆，在黑暗中维护人类社会秩序。但随着敌人异生兽的不断学习进化，导致拥有骄人战绩的夜袭队陷入苦战。此时光之巨人奈克赛斯·奥特曼突然登场并打破了这种僵局，作为奈克赛斯·奥特曼的适能者（Dunamist）：姬矢准出现在这场人类与异生兽的战斗之中，他利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域（Meta Field）”，在变身巨大化后，将异生兽拉入这个与世隔绝的异空间内进行战斗，在面对新型战场环境下，TLT研发出的特殊科技战机合体后也可进入本空间内进行作战。TLT-J第三基地夜袭队的新队员孤门一辉与和仓队长及其他队员一起处理着繁忙作战任务，可自从他遇到姬矢准后便对自己任务及周围环境产生疑问： 组织内究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何？奈克赛斯·奥特曼和异生兽的原形到底是什么？这一切事件的根源又是？ 孤门和姬矢在不知不觉地不断接触中建立深厚的友谊，并一步步开始揭开这一切现实中的谜底……