电视动画《我的妹妹哪有这么可爱。》是根据由日本小说家伏见司撰写、神崎广负责插画的轻小说《我的妹妹哪有这么可爱！》改编的动画作品，亦是电视动画《我的妹妹哪有这么可爱！》的续作。动画的制作方由原第1期动画的AIC Build变更为A-1 Pictures，其他主要制作班底则保持不变。 哥哥高坂京介（17岁）和妹妹高坂桐乃（14岁）兄妹两人的关系近几年处于冷战状态。从某个时间点开始，桐乃看到哥哥时连打招呼都没有，只会用像是看到脏东西般的眼神瞪他。京介认为这种关系也会一直持续下去。 某天，京介在门口捡到从来没看过的魔法少女动画《星尘☆小魔女梅露露》的DVD盒子，里面竟然不是动画的DVD，而是成人游戏《和妹妹恋爱吧~》的光碟。京介在晚餐时用梅露露的话题试探谁是光碟的物主，但只得到父母充满偏见的否定意见。 就在那天晚上，连打招呼都不会的妹妹突然来到京介房间，并且说她有事情想要商量。原来桐乃迷上了萌系动画以及美少女游戏中的妹系角色，却都不敢告诉别人，只能一直闷在心里。被哥哥知道了自己的秘密后，从此开始了和哥哥之间的「人生咨询」。