正篇讲述关系很亲密的5个人组成的小组织“Little Busters”的成员——少年直枝理树和领袖人物枣恭介为了享受最后的高中生活而组建了一支棒球队“Little Busters”，然后棒球队的成员们遇到了各种各样的烦恼的故事，本作作为特典动画剧情分别由佳奈多、佐佐美、沙耶这三名女性角色，主要会围绕她们各自的故事展开。 第1话 谍报员 朱鹭户沙耶 晚上，理树去学校拿真人忘在班级书桌里的笔记本，途中在学校的走廊被一位持手枪的少女摁在地上，要求理树不许回头地跑向紧急出口离开。几次枪声之后，理树打开大门回到走廊发现掉在地上的那名少女的学生证，原来这个少女的名字叫朱鹭户沙耶。第二天，理树照着学生证上的信息，去那个班级把学生证交还给了她。之后理树手机收到了沙耶的一封邮件，要理树在下一课间休息的时候在屋顶再会…… 第2话 迷宫的两人 直枝理树和朱鹭户沙耶两人在地下迷宫探索，迷宫内部危险重重，开始理树错误的开门选择使他们接二连三的中陷阱，到达第三层后，由于沙耶好几天通宵地努力奋斗使肚子饥饿，为了以后长时间探索就折返回去准备补给。两人相约会面了之后一起去买食物，在采购的路上理树发现沙耶双眼看着娃娃机就上前询问，于是两人开始玩起了娃娃机，没想到沙耶没过多久就沉迷住了使裙底风光被理树一览无余。到了深夜，补给完毕的两人为了寻找秘宝，再次进入了地下迷宫…… 第3话 暗之执行部 直枝理树和朱鹭户沙耶两人依旧在迷宫中前进，在理树的心中不禁想起了一连串的疑问，但两人的相遇使理树开始缅怀与沙耶呆在一起的时光，觉得自己很久以前就喜欢沙耶同学了。两人一起合作解开机关进入到第五层后，遇上了要与他们战斗的石像人机关，就在沙耶与石像人战斗之时，理树发现了插在地面上的一把剑，这时沙耶跑到石像人的头顶上发现这把剑就是钥匙，于是叫理树把剑扔给自己，然后用这把剑插进了钥匙孔解除了机关并且打开了门，但从崩溃的石像人头顶上坠落到地面的沙耶脚受了伤，理树就抱着沙耶往门走去…… 第4话 某时某地 我们再次相遇 为了见理树不断地去重复相同场景的沙耶，终于又跟游戏的主人时风瞬挑战了，挑战失败后的沙耶要求最后一次重来。最后一次重来的沙耶与理树一起进入了迷宫后，渐渐地与理树的在一起的时间越来缺少了，这是最后一次和理树开心的时刻了，这时理树向沙耶告白两人相互KISS，一起前往时风瞬所在的地方…… 第5话 佐佐美变成了猫 有一天，理树的教室里来了一只连枣铃也没有见过的黑色的猫。正当理树他们打量这只猫时，这只猫突然跑出教室到笹濑川佐佐美的脚下，于是佐佐美在安抚这只猫的时候，正好也被理树和铃他们看见，在谈话的过程中理树和铃发现小毬和佐佐美她们原来认识，佐佐美害羞跑走后小毬就告诉理树和铃这只猫是她和佐佐美一起照顾的，晚上理树做了一个关于白天出现的这只猫的梦，起来后的理树去自动收货机买饮料，忽然这只黑色的猫朝理树走来并缠上了理树，而后理树把他带到宿舍…… 第6话 某人希望的小小世界 在教室上课的理树忽然发觉曾经一起玩的伙伴都不在了，下课后连电话也打不通使理树明白了知道实情的人会消失的情况。于是就不把实情告之问自己情况的谦吾。回到宿舍后看见佐佐美在做青椒肉丝，并和佐佐美吃饭的时候得知佐佐美曾经养过一只猫，但是在搬家的时候就再也找不到那只猫了，原来佐佐美并不是讨厌猫而是不得不讨厌猫。晚上睡觉的时候理树认为这个世界是佐佐美创造出来的，为了帮助佐佐美实现愿望打算去告诉谦吾这个世界的实情…… 第7话 佳奈多的秘密 由于运动类社团的活动室要重新分配，理树他们所在的棒球活动室也是再分配的对象之一，恭介打算让理树去给宿管会帮忙来保住一直以来生活的活动室。在房间里正好遇见二木加奈多和宿管长一起工作，在工作的过程中宿管长借机出门让他们单独二人相处。理树工作做完之后，加奈多让理树出去转转不要浪费时间，结果被理树拒绝。过了一会儿理树主动去帮忙加奈多的工作，加奈多也只好让理树帮忙…… 第8话 我们的牵绊 被同学看见满身是伤疤的加奈多，跑到学校某个树丛的角落颤抖，连妹妹叶留佳的担心都不接受，于是理树给情绪不稳定的加奈多披上自己的外套。满身是伤疤的传闻已经遍布整个学校，加奈多也情绪低落到不予任何人说话了。回房间的理树与他们一起庆祝成功保住了活动室，但是理树谈到加奈多的时候始终担心着她。第二天，理树从叶留佳口中听到加奈多在课上状态也不好，于此同时在学校的某一处角落已经安排好加奈多与她的未婚夫见面了……